杭州灵隐寺需要收两次门票的主要原因在于其特殊的地理位置和管理权属。具体来说：

地理位置

灵隐寺坐落在飞来峰景区内，而进入灵隐寺必须经过飞来峰景区的大门。由于地理条件的限制，无法单独为灵隐寺开辟一条直通道路，因此游客在前往灵隐寺的过程中，必然会经过飞来峰景区。

管理权属

飞来峰景区和灵隐寺分别属于不同的管理部门。飞来峰景区属于市政园林部门管理，主要作为一个公园景区存在，其门票收入主要用于景区的维护和管理。而灵隐寺则是由宗教部门管理，其门票收入则主要用于寺院的维护、修葺及公益性活动等。

由于两者分属于不同的管理部门，且财政关系不同，因此无法合并售票。游客在参观灵隐寺时，需要分别购买飞来峰景区的门票和灵隐寺的门票。

门票意义

设置飞来峰景区门票，更多的是出于限制景区游客承载量、控制客流以便对飞来峰景区内的摩崖石刻进行更好保护的目的。而灵隐寺作为江南名刹，其门票收入则主要用于寺院的日常开销、维护修葺以及举办各类公益活动。

综上所述，杭州灵隐寺需要收两次门票的原因主要是由于其特殊的地理位置和管理权属所决定的。这一做法旨在合理控制游客流量、保护文化遗产并维持寺院的正常运营。